Kolon kanserinin nedeni kesin olarak bilinmemektedir fakat oluşumunda etkili olan bazı çevresel ve genetik nedenler vardır. Kalıtsal etkenler bu konuda büyük öneme sahiptir. Ailesinde kolon kanseri olan kişilerde kansere yakalanma ihtimali normalden daha yüksektir. Ayrıca daha önceden meme ve yumurtalık kanserini geçirmiş kişilerde ve ailelerinde kolon kanseri sıklığı daha fazladır. Gardner Sendromu ve Ailesel Polipozis hastalığı kalıtsal hastalıklardır ve sıklıkla kolon kanserine neden olmaktadır. Bunların dışında ülseratif kolit ve crohn hastalığı da kolon kanseri ihtimalini arttırır.
